Das Rudolf-Virchow-Zentrums setzt sich aus verschiedenen Säulen zusammen. Der größte Bereich – die Forschung – teilt sich auf in Nachwuchsgruppen, Kernzentrum, Forschungs- und Senior-Professuren sowie das Bio-Imaging-Center. Angegliedert ist zudem das RVZ-Netzwerk, das Kooperationen innerhalb des Zentrums oder mit anderen Forschern der Universität unterstützt. 

Die Ausbildung des wissenschaftlichen Nachwuchses erfolgt durch den Studiengang Biomedizin. Als Doktoranden werden die jungen Wissenschaftler dann durch das Virchow Graduate Program betreut. Das Public Science Center setzt ich mit Pressearbeit und Schülerprogrammen für den Dialog mit der Öffentlichkeit ein. 

Ein internationaler wissenschaftlicher Beirat steht der Leitung des Zentrums zur Seite. Er beobachtet den wissenschaftlichen Fortschritt, berät bei der Rekrutierung von Gruppenleitern sowie der Vergabe von Forschungs-Professuren und überwacht die RVZ-Netzwerk-Projekte.