Eine enge Verbindung unterhält das Rudolf-Virchow-Zentrum unter anderem zu folgenden Partnern:

• Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG), Bonn
• Julius-Maximilians-Universität Würzburg
• Universitätsklinikum Würzburg
• Institut für molekulare Infektionsbiologie (IMIB)
• Deutsches Zentrum für Herzinsuffizienz Würzburg (DZHI)
• Graduiertenschule Life Sciences

weitere DFG Forschungszentren:

• MARUM - Zentrum für Marine Umweltwissenschaften der Universität Bremen
• Technische Universität Berlin, DFG-Forschungszentrum Matheon - Mathematik für Schlüsseltechnologien
• DFG Forschungszentrum Molekularphysiologie des Gehirns der Universität Göttingen
• DFG Forschungszentrum für Regenerative Therapien Dresden (CRTD) der TU Dresden
• Zentrum für funktionelle Nanostrukturen der Universität Karlsruhe

Mitarbeit in folgenden Sonderforschungsbereichen (SFB):

• Transregio 17
• SFB 630
• SFB 688