Im Nachwuchsgruppenzentrum können junge Wissenschaftler eine eigene Arbeitsgruppe leiten und völlig unabhängig an ihren Projekten arbeiten. Da die Labore der Nachwuchsforscher auf einer Etage räumlich zusammengefasst sind, herrscht hier eine sich untereinander verstärkende besondere Aufbruchsstimmung. Die Wissenschaftler kommen zunächst für fünf Jahre ans Rudolf-Virchow-Zentrum. Nach Ablauf dieser Zeit ist es möglich, exzellente Gruppenleiter mittels temporärer C3-Professuren auch längerfristig in Würzburg zu halten.

Das Kernzentrum umfasst eine Reihe von Forschungsgruppen, die eine sehr teure Infrastruktur benötigen und die deshalb bisher in Würzburg nicht oder nur unzureichend etabliert werden konnten. In diesen technologisch orientierten Arbeitsgruppen geht es vor allem darum, Schlüsselproteine zu identifizieren, ihren räumlichen Aufbau und die chemische Zusammensetzung herauszufinden. Mit Forschungsprofessuren nach dem Vorbild der amerikanischen Howard-Hughes-Professuren und beträchtlichen Geldmitteln sollen exzellente Wissenschaftler, die bereits etabliert sind, für jeweils fünf Jahre nach Würzburg geholt bzw. vor Ort gefördert werden. Auch hier sind die Forscher in der Wahl ihrer Themen frei, solange sie sich mit Schlüsselproteinen befassen.

Spitzenforschung heißt, das Potential aller Generationen nutzen - daher bietet das Zentrum mit seinen Seniorprofessuren die Möglichkeit, dass Wissenschaftler auch nach ihrer Emeritierung weiterhin forschen. Das Zentrum möchte so auch vom Wissen und dem Erfahrungsschatz dieser etablierten Wissenschaftler profitieren. Dabei spielt auch der Austausch zwischen den Generationen eine große Rolle. Die Forschungsprogramme dieser Wissenschaftler bewegen sich im Bereich der Arbeiten des Rudolf-Virchow-Zentrums, werden aber im Wesentlichen durch Drittmittel gefördert.